Mozuelos aparece en el Becerro de las Behetrias como lugar de García Gonzalez de Villaute y de la Orden de Santiago. Aunque hay numerosas iglesias románicas por los alrededores (Gredilla de Sedano, Moradillo, Tubilla del Agua,...) la de Mozuelos es posterior, la parte más antigua de entorno al siglo XIV. Esto es debido probablemente  al lugar donde se asienta , demasiado alto e inhóspito como para pensar que este pueblo pudiera haber surgido en otro tiempo anterior.

Siempre ha sido Mozuelos un pueblo pequeño, asi el Catastro de Ensenada (1752) situa el número de casas en 16. Este número vario muy poco en sucesivos catastros. La despoblación total tuvo lugar en 1969, el mismo año que el hombre pisó la luna por primera vez.

En Mozuelos se cosechaban productos de secano como: trigo, cebada , avena, centeno, titos, lentejas y hierba. También se vivia de la ganadería, como lo demuestran las cañadas que aun hoy se aprecian y que confluian en el pueblo.